Por su ubicación geográfica, es un área rica en recursos naturales, a donde emigran especies tan importantes como la Ballena Jorobada, anidan cada año cientos de tortugas marinas y dada su magnitud, los ambientes naturales son muy variados entre la zona sur, centro  y norte, pudiendo conocer ambientes boscosos, selváticos, costeros, marinos e insulares en un mismo lugar. Sus montañas forman parte de la majestuosa Sierra Madre Occidental, por lo que en la zona existen montañas con altitudes de más de 1,600 metros, donde abundan los pinos y robles.

Al sur por ejemplo, es más húmedo y la vegetación más exuberante, predominando la selva mediana subcaducifolia (se le llama así porque en la estación seca algunos de los árboles pierden sus hojas). Dadas sus características geográficas y lo complicado que es el acceso a éstas áreas, se pueden observar especies silvestres tan asombrosas y raras como el jaguar, el ocelote y el puma, existiendo venados, pecaríes e infinidad de aves como guacamayas, cotorros y aves canoras de gran belleza.

Al sur por ejemplo, es más húmedo y la vegetación más exuberante, predominando la selva mediana subcaducifolia (se le llama así porque en la estación seca algunos de los árboles pierden sus hojas). Dadas sus características geográficas y lo complicado que es el acceso a éstas áreas, se pueden observar especies silvestres tan asombrosas y raras como el jaguar, el ocelote y el puma, existiendo venados, pecaríes e infinidad de aves como guacamayas, cotorros y aves canoras de gran belleza. 

En la costa sur el mar es muy profundo, teniendo el punto más profundo alrededor de 1,700 metros, y posee la mayor parte del año una visibilidad muy buena, lo que permite al visitante encontrar lugares muy interesantes para practicar el buceo.

Existen una infinidad de pequeñas playas, cuyo acceso es únicamente por mar, y se pueden visitar varios pequeños islotes, donde abundan las gigantescas mantas y tortugas marinas.

Siguiendo en el sur y muy cerca de Vallarta, se pueden visitar playas solitarias y muy interesantes, con aguas cristalinas donde se puede nadar agradablemente.

A 20 minutos al sur de Vallarta se encuentran Los Arcos, un grupo de islotes de gran belleza y de anidación de muchas aves. En este sitio se puede esnorquelear fácilmente y verse rodeado de amistosos peces como el ángel Real, damiselas y peces mariposa. En este sitio se puede practicar buceo amateur o profesional, pues tiene un área de poca profundidad y a un costado se encuentra la "Quijada del Diablo", que es el comienzo de un cañón submarino de gran profundidad.

El centro de la Bahía tiene una vegetación menos exhuberante y posee playas arenosas muy extensas y con poca profundidad, donde abundan los cangrejos y aves playeras. Ahí se encuentra el desarrollo hotelero denominado "Nuevo Vallarta", y posee el campamento tortuguero más grande de la Bahía, dada la gran cantidad de tortugas que desovan cada noche.

En el norte el clima es mucho más seco y la vegetación mas pequeña. Presenta un desarrollo urbano moderado y de poca densidad y aún existen muchas playas "solitarias" donde se pueden encontrar momentos de soledad y acercamiento con la naturaleza, se pueden apreciar tanto acantilados como playas de arena fina, y con un poco de suerte, se pueden observar animales como armadillos o coatíes. Para algunos, éstas playas son muy buenas para practicar el surfing, y aún no habiendo acceso por carretera, se abren camino a pie cruzando la vegetación, pues bien vale la pena el esfuerzo.

En el extremo nor-occidental de la Bahía, se encuentra Punta Mita; una pequeña y estrecha península donde sus playas se encuentran formadas por esqueletos de coral y pequeñas rocas. Actualmente es propiedad privada, donde se localiza un lujoso hotel y un exclusivo campo de golf. Sin embargo, caminando por la playa se pueden encontrar hermosas áreas aún intactas, donde se pueden observar cosas tan curiosas como árboles de mangle dentro de la rompiente del mar, y colonias de algas creciendo en una playa rocosa con una profundidad de apenas medio metro.

Muy cerca de ahí, caminando al sur unos 15 minutos, se encuentra una playa arenosa muy extensa, donde se pueden apreciar secciones de arena "petrificada", la cual al ser expuesta por el oleaje se ha erosionado formando caprichosas formaciones de este material. Esta arena se "fundió" literalmente con el calor volcánico en la era cuaternaria, siendo ahora un capricho más de la naturaleza.

Frente a Mita se encuentran las Islas Marietas (de origen volcánico), que sin duda son el mejor sitio para practicar buceo. Éstas dos islas son un santuario de aves, que anidan anualmente por miles. Poseen infinidad de cuevas y salientes rocosas, y La Isla Redonda tiene una "playa secreta", la cual fue antiguamente una cueva cuyo techo se desplomó y es ahora posible su acceso nadando durante la marea baja, debiendo atravesar un túnel de roca para llegar a ella. Aquí se presenta la mayor diversidad de especies arrecifales en la Bahía, y tiene parches de coral de gran importancia para el ecosistema. Desde hace muchos años se realizan investigaciones científicas por sus características tan especiales.

Puerto Vallarta es el desarrollo turístico más importante de la Bahía, y se encuentra localizado más o menos en el centro - sur de la Bahía, rodeado de montañas con una privilegiada vista a la Bahía.

En el límite norte de Vallarta se encuentra el río más importante de la región (que divide los estados de Jalisco y Nayarit), el cual aporta una gran cantidad de sedimentos y materia orgánica que enriquece las aguas de la Bahía. Su desembocadura está rodeada por manglares y marismas, es decir, zonas con influencia tanto de agua salada como dulce, y ahí se puede observar una gran variedad de aves costeras y cocodrilos, los cuales suman alrededor de 95 animales de todos tamaños, y con un poco de suerte se pueden observar tomando el sol durante la mañana, pero por las noches se pueden observar a simple vista con una linterna de mediana potencia.

Esta es una pequeña probada de lo que existe en nuestra región, pero sólo visitando este privilegiado lugar podrás descubrir una infinidad de secretos naturales, y podrás presenciar unas puestas de sol de ensueño...

Si deseas conocer más sobre aspectos culturales, turísticos, regionales o de negocios, puedes visitar estos excelentes portales:

http://visitpuertovallarta.com

http://puertovallarta.net

http://virtualvallarta.com

http://www.toursinmexico.com